Cơ quan lập pháp là Quốc hội (国会) lưỡng viện gồm Chúng nghị viện và Tham nghị viện. Hiến pháp quy định hai viện làm "cơ quan quốc quyền tối cao" và "cơ quan lập pháp duy nhất nước", đều bầu trực tiếp theo lối song song và có bảo đảm hiến định rằng không có kỳ thị theo tư cách thành viên, bất luận "nhân chủng, tín điều, giới tính, thân phận xã hội, môn địa, giáo dục, tài sản hay thu nhập." Vì vậy Quốc hội phản ảnh chủ quyền nhân dân, là nguyên tắc quyền tối cao thuộc về, trong trường hợp này, nhân dân Nhật Bản.[7][52]

Nhiệm vụ Quốc hội bao gồm làm luật, phê duyệt ngân sách quốc gia hằng năm, phê chuẩn việc đế kết hiệp ước và chỉ định Thủ tướng. Ngoài ra còn có quyền đề xuất tu chính án hiến pháp, nếu thông qua thì nộp nhân dân cho chấp thuận trong cuộc trưng cầu dân ý trước khi Thiên hoàng ban hành nhân danh nhân dân.[53] Hiến pháp cho phép hai viện điều tra vấn đề quan hệ với chính phủ, yêu cầu nhân chứng, chứng nhân có mặt, tài liệu xuất trình và yêu cầu Thủ tướng và Đại thần có mặt để trả lời hoặc giải thích nếu cần.[38] Quốc hội cũng có thể miễn chức thẩm phán phạm tội hay cư xử sai. Tuy nhiên, Hiến pháp không quy định thể thức bầu cử, số thành viên mỗi viện và các vấn đề khác về cách bầu thành viên, cho phép luật pháp quy định.[54]

Theo điều khoản Hiến pháp và pháp luật, mọi người trên 18 tuổi có quyền bỏ phiếu theo lối đầu phiếu phổ thông và bỏ phiếu kín, những người đắc cử được miễn bắt giam trong khi Quốc hội họp.[55] Thành viên có đặc quyền nghị sự về lời nói, tranh luận và biểu quyết ở Quốc hội. Mỗi viện đảm nhiệm kỷ luật thành viên, phiên họp công khai, trừ phi ít nhất hai phần ba số thành viên có mặt thông qua nghị quyết họp kín. Quốc hội cũng cần ít nhất một phần ba số thành viên một trong hai viện có mặt để làm việc,[56] quyết định do đa số có mặt làm, trừ phi Hiến pháp quy định khác; trong trường hợp kết quả hòa thì Nghị trưởng có quyền quyết định. Thành viên không thể bị khai trừ, trừ phi ít nhất hai phần ba số thành viên có mặt thông qua nghị quyết.[57]

Theo Hiến pháp, Quốc hội phải triệu tập ít nhất một lần mỗi năm, Nội các có thể tùy ý triệu tập khóa họp đặc biệt, buộc phải nếu một phần tư tổng số thành viên một trong hai viện yêu cầu.[58] Trong kỳ bầu cử, Chúng nghị viện bị giải tán, Tham nghị viện chỉ đóng cửa và có thể triệu tập trong khóa khẩn cấp trong khẩn cấp quốc gia.[59] Thiên hoàng triệu tập Quốc hội và giải tán Chúng nghị viện, nhưng chỉ theo lời khuyên Nội các.

Dự luật để trở thành luật thì phải có hai viện Quốc hội thông qua, Đại thần ký, Thủ tướng phó thư và Thiên hoàng ban hành; tuy nhiên Thiên hoàng không có quyền phủ quyết.

Chúng nghị viện

Chúng nghị viện (衆議院) là hạ viện, có thành viên bầu mỗi bốn năm hoăc, khi bị giải tán, có nhiệm kỳ bốn năm.[60] Đến ngày 18 tháng 11 năm 2017 có 465 thành viên, 176 bầu từ 11 khu tuyển cử đa ứng viên theo lối đại diện tỷ lệ đảng đơn, 289 bầu từ khu đơn ứng viên; cần 233 để có đa số. Chúng nghị viện mạnh hơn, có thể phủ quyết quyết định từ chối dự luật của Tham nghị viện bằng đa số hai phần ba, nhưng có thể bị Thủ tướng giải tán tùy ý.[36] Thành viên phải có Nhật tịch, người đến 18 tuổi có quyền bỏ phiếu, người trên 25 có quyền tranh cử.[55]

Quyền lập pháp của Chúng nghị viện mạnh hơn, dù Tham nghị viện có thể từ chối hầu hết quyết định Chúng nghị viện, vài chỉ có thể bị trì trệ, bao gồm luật về hiệp ước, ngân sách và việc chỉ định Thủ tướng. Ngược lại, Thủ tướng và toàn thể Nội các có thể giải tán Chúng nghị viện mọi lúc,[36] tuy chính thức giải tán khi văn kiện chuẩn bị, nhưng chỉ giải tán trong thật tế bằng lễ giải tán như sau:[61]

1. Văn kiện được Thiên hoàng phê chuẩn chính thức và bọc bằng miếng vải lụa tím, biểu thị văn kiện là hành vi quốc quyền làm nhân danh nhân dân.
2. Văn kiện giao cho Trưởng quan quan phòng nội các ở Sảnh tiếp đãi của Nghị trưởng Chúng nghị viện.
3. Văn kiện chuyển đến Nghị sảnh cho Tổng bí thư chuẩn bị
4. Tổng bí thư chuẩn bị văn kiện cho Nghị trưởng đọc
5. Nghị trưởng Chúng nghị viện tuyên bố giải tán ngay
6. Chúng nghị viện chính thức bị giải tán.

Thông thường, khi Chúng nghị viện bị giải tán, thành viên sẽ tung hô Vạn tuế (萬歲).[61][62]

Tham nghị viện

Tham nghị viện (参議院) là thượng viện, một nửa thành viên bầu mỗi ba năm, có nhiệm kỳ sáu năm. Đến ngày 18 tháng 11 năm 2017 có 242 thành viên, 73 bầu từ 47 khu huyện theo lối bỏ phiếu cố định duy nhất, 48 theo danh đơn toàn quốc theo lối đại diện tỷ lệ có danh đơn mở. Tham nghị viện không thể bị Thủ tướng giải tán. Thành viên phải có Nhật tịch, người trên 18 tuổi có quyền bỏ phiếu, người trên 30 có quyền tranh cử.[55]

Bởi Tham nghị viện có thể phủ quyết quyết định Chúng nghị viện nên có thể buộc Chúng nghị viện phải cân nhắc lại. Tuy nhiên, Chúng nghị viện có thể dứt ý mà từ chối phủ quyết bằng đa số hai phần ba số thành viên có mặt. Mỗi năm và khi cần thiết, Quốc hội do Thiên hoàng triệu tập ở Nghị sảnh Tham nghị viện theo lời khuyên Nội các trong khóa họp thêm hay thường lệ. Thường thì Nghị trưởng Chúng nghị viện phát biểu ngắn trước khi Thiên hoàng triệu tập Quốc hội bằng bài phát biểu vương vị.[63]